Sopa de Cebolla Francesa Gratinada

Ingredientes:
3 cebollas
3 chalotas o 4 cebollas
1 diente de ajo
100 ml de vino blanco, Jerez o coñac
1 litro de caldo de pollo
2 vasos de agua
8 rebanadas de pan
1 trozo de queso Gruyere o Emmental
1 cucharada de mantequilla
Aceite de oliva virgen
1 rama de tomillo fresco
Sal
Pimienta negra